蛋白Marker試劑是生物學常用的試劑之一，不僅可以用于直觀地監測SDS-PAGE電泳的進程，評估PVDF、尼龍和硝酸纖維素膜的轉移效率、還可以用于計量蛋白質的大致分子量。
為何有時有些條帶會消失不見？或Marker蛋白高分子量跑著跑著不見了？
可以從以下幾方面查找原因：
1、很有可能是蛋白Marker遭到蛋白酶污染而造成降解：可能是跑膠緩沖液遭受蛋白酶（proteinase）污染，或是buffer重復使用太多次，導致長菌以致于有蛋白酶存在，或是上樣時反復使用同一支Tip。
解決辦法：
（1）上樣時避免反復使用同一支Tip。
（2）內槽使用新鮮配置的跑膠緩沖液。
（3）如前面建議，如果實驗室太多人同時使用一管蛋白Marker試劑，因為每個人的使用習慣無法控制，建議可以先分成小管，就不會一次污染一整管造成浪費。
2、檢查所用凝膠的類型/百分比，凝膠濃度過低可能會導致小分子量條帶不能很好分散；反之，則可能會導致高分子量條帶不好分散。
凝膠電泳體系的影響排查：如需要排查是Marker的原因還是電泳體系的影響，建議可以在同一塊膠上進行對比測試，在同一塊膠上電泳疑似問題產品和正常產品，看條帶是否有差異，以排除凝膠電泳系統的影響。
3、檢查蛋白質標準品的有效期，過期產品可能出現褪色或缺失條帶。
4、檢查蛋白質標準品的儲存條件，儲存條件不當也會影響標準品中蛋白質的穩定性。
5、確保蛋白質標準品在裝入凝膠前未加熱/煮沸，該款蛋白Marker試劑為即用型，加熱/煮沸可能會導致標準品中的蛋白質降解。
6、如遇膠上有、而轉膜后消失的話，請檢查轉膜后濾紙上是否有相應Marker條帶并調整轉印條件。
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